Η οργάνωση της ΜΙΧΑΗΛ Μ. ΤΣΟΝΤΟΣ Α.Ε. περιγράφεται μέσα από το Οργανόγραμμά της, τις Προδιαγραφές Θέσεων των στελεχών της και τις Διαδικασίες Λειτουργίας και Ελέγχου, όπως αυτές περιγράφονται στο Σύστημα Εταιρικής Διαχείρισης της Εταιρείας. Τα στοιχεία που την απαρτίζουν και η ιεράρχησή τους απεικονίζονται στο Οργανόγραμμα της Εταιρείας.
Η οργανωτική της δομή βασίζεται στην αρχή της Διαχείρισης Έργου και περιλαμβάνει τις Διευθύνσεις Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών, τη Διεύθυνση Έργων με τους Τομείς Έργων Αμερικανικής Ευκολίας Σούδας, Τομέα Έργων Αμερικανικού Στρατού με έδρα τη Ρουμανία, Τομέα Δημόσιων και Ιδιωτικών Έργων, Διεύθυνση Ακινήτων, Διεύθυνση Εμπορικού και το Εργαστήριο Δοκιμών.
Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου και Διευθύνων Σύμβουλος έχει την ευθύνη του προσδιορισμού και της εξασφάλισης των πόρων εκείνων που απαιτούνται για τη λειτουργία και συντήρηση του Συστήματος Εταιρικής Διαχείρισης και τη συνεχή βελτίωση της αποτελεσματικότητάς του. Με τη σειρά τους οι Διευθυντές Διευθύνσεων έχουν την ευθύνη διασφάλισης για την αποτελεσματική εφαρμογή του Συστήματος Εταιρικής Διαχείρισης στις περιοχές ευθύνης τους και την αναγκαία επικοινωνία μεταξύ τους
